第1部分：供蛋白质组学分析的蛋白样品制备
第1章 分离科学在蛋白质组学中的作用
1.1 制备纯化蛋白：蛋白质微阵和结构蛋白质组学的瓶颈
1.2 以质谱为基础的蛋白质鉴定
1.3 蛋白质组学所面临的一个关键技术的挑战：减少样品的复杂性
1.4 本书的概述
参考文献
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第2章 蛋白质的纯化策略
2.1 挑战
2.2 蛋白质的量和纯度要求
2.3 重组蛋白通常能简化纯化过程
2.4 可根据蛋白质的内在特性来分离蛋白质
2.5 设计蛋白质纯化方案
2.6 应用：膜相关抗原A33的纯化
参考文献
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第Ⅱ部分：蛋白质组学中制备蛋白样品的色谱方法
第3章 蛋白质和肽纯化的色谱方法导论
3.1 基本概念
3.2 色谱·眭能
实验方案
方案1轻拍一填装法干式填装刚性固体柱
色谱术语表
参考文献
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第4章 全蛋白的多维色谱
4.1 MDLC用于蛋白质分级分离的目的
4.2 策略
4.3 主要文献概述
4.4 MDLc的理论参数
4.5 色谱模式：正交性与相容性
4.6 与其他技术的性能比较
4.7 MDLC的常见问题
4.8 发展潜力
4.9 样品处理方案：SEC／反相色谱法分离大肠杆菌蛋白
4.10 研究实例：MDLC分析酵母蛋白提取物
4.11 结论
参考文献
第5章 可溶性重组蛋白的高通量筛选
5.1 引言
实验方案
方案1 设计平行克隆表达载体
方案2 平行克隆所用载体的制备
方案3 黏末端PcR产物的制备和消化载体的连接
方案4 把DNA转化到细菌中
方案5 诱导和筛选可溶性融合蛋白
参考文献
第6章 离子交换色谱
6.1 IEC利用了分子间的静电力
6.2 几种IEC的模式
6.3 IEC中缓冲液的选择很重要
6.4 离子交换介质和色谱分离装置
实验方案
方案1 离子交换柱的选择
方案2 离子交换柱的制备
方案3 用IEC分离蛋白质
IEC柱的清洗
IEC的优化和常见问题
参考文献
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离子交换介质的供应商
第7章 尺寸排阻色谱
7.1 小分子更易进入凝胶介质间的空隙
7.2 分配系数Kd和有效分配系数K描述了溶质在特定凝胶中的洗脱情况
7.3 SEC分离相似形状分子的能力取决于凝胶的选择范围
7.4 分子的形状对其洗脱时间的影响
7.5 影响洗脱蛋白分辨率的因素
7.6 SEC在纯化方案中的作用
7.7 SEC中缓冲液、溶液和试剂的配制
7.8 SEC中蛋白样品和肽样品的预处理
7.9 SEC液相色谱装置
7.10 利用SEC分离纯化的例子
实验方案
方案1 尺寸排阻色谱柱的填装
方案2 尺寸排阻色谱的制备
附加方案：分析性尺寸排阻色谱
方案3 用尺寸排阻色谱进行蛋白质的脱盐和缓冲液的更换
柱的清洗和保养操作
关于SEC的常见问题
参考文献
第8章 反相高效液相色谱在蛋白质分离和纯化中的应用
8.1 ：RP-HPLC的特点与机制
8.2 分离机制
8.3 RP-HPLC基于“疏水脚”的细微差异分离多肽
8.4 RP-HPLC柱的特点与操作
8.5 流动相
8.6 温度
8.7 表面活性剂对反相分离的影响
8.8 在质谱鉴定前用RP-HPLC分级分离多肽
8.9 RP.HPLC常见问题指南
实验方案
方案1 RPHPLC分离蛋白质的标准色谱条件
方案2 RP-HPLC分离多肽的标准色谱条件
参考文献
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第9章 疏水相互作用色谱
9.1 HIC与RP-HPLC的区别
9.2 HIC的基本原理
9.3 实验的影响因素
实验方案
方案1 用HIC分离蛋白质
参考文献
第10章 亲和色谱与免疫亲和色谱
10.1 亲和色谱的实际应用
10.2 凝集素亲和色谱
10.3 配基亲和色谱
10.4 免疫亲和色谱
10.5 DNA亲和色谱
10.6 共价色谱
10.7 采用巯基一二硫键互换反应的共价色谱
实验方案
方案1 凝集素一琼脂糖凝胶亲和色谱
方案2 蛋白质配基亲和色谱
方案3 制备抗体亲和树脂过程中抗体的定位
方案4 DNA亲和柱的制备
方案5 DNA亲和色谱
方案6 从仅被混有不可逆失活的亚磺酸氧化产物中以可逆失活混合的二硫化物形式纯化木瓜蛋白酶
方案7 以琼脂糖一谷胱甘肽一2一吡啶二硫化物凝胶作为填料的共价色谱
方案8 使用活化的Thiopropyl一Sepharose6B凝胶的共价色谱
参考文献
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第11章 蛋白质组学研究中的染料配基亲和色谱
11.1 方法的设计和优化
11.2 染料配基吸附剂的再生和储存
实验方案
方案1 染料在多羟基介质中的固定化
附加方案：固定化配基浓度的测定
方案2 通过结合目的蛋白的能力来筛选固定化染料
方案3 吸附条件的优化
方案4 洗脱条件的优化
方案5 分批式试管法计算吸附剂的有效容量
方案6 用染料配基亲和色谱纯化蛋白
11.3 研究实例：使用CibacronBlue3GA-Sepharose亲和吸附剂纯化重组甲酸脱氢酶
参考文献
第12章 固定化金属离子亲和色谱
12.1 IMAC的基本原理
12.2 IMAC的基本操作
12.3 IMAC最常用于纯化带多聚组氨酸标签的蛋白质
12.4 目的蛋白性质未知时可使用IMA
12.5 磷蛋白和磷酸肽的分离
实验方案
方案1 IMAC预装柱的准备
第13章 用羟磷灰石进行蛋白质色谱
第14章 色谱聚焦
第Ⅲ部分：蛋白质组学中制备蛋白样品的电泳方法
第15章 电泳分离蛋白质策略导论
第16章 双向凝胶电泳分离蛋白质
第17章 在MCE中通过等电位分段法进行高分辨率双向凝胶电泳来制备样品
第18章 一种电泳纯化蛋白质的方法：GradiflowBF400仪
第19章 用自由流动电泳技术纯化蛋白质
第Ⅳ部分：用于结构蛋白质组学的纯化蛋白的分析
第20章 已纯化蛋白质鉴定方法导论
第21章 用质谱测定蛋白质的特性
第22章 分析超速离心：蛋白质大小、构象和相互作用
第23章 蛋白质构象稳定性的测定
第24章 表面等离子体共振与质谱联用：鉴定结合配体及描述相互作用
第25章 糖蛋白中糖的分析
附录1 蛋白质结构概述
附录2 蛋白质浓度的测定
附录3 蛋白质溶液的浓缩
附录4 蛋白质的储存稳定性
附录5 单向聚丙烯酰胺凝胶电泳
附录6 疑难问题解决指南
附录7 注意事项
索引
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