1 在赵翼《廿二史劄记》上的识语（一九〇三年）
2 《柱下备忘录》中《满洲魂》一册封面（一九〇五年前后）
3 光华医社配便通用方药录（一九〇八年至一九一一年）
4 《四书五经上帝考》（约一九一七年初）
5 《景教三威蒙度赞》跋（一九一七年二月）
6 《元也里可温教考》资料、初稿、改稿、定稿（一九一七年春至一九三四年）
7 在日本奈良东大寺大佛尊影参观券上题词及当天日记（一九一七年十一月九日：
8 《两眼考》抄本封面题字及识语（一九一八年六月廿三日）
9 《开封一赐乐业教考》资料（一九一九年）
10 对《四库全书》的研究（一九二〇年至一九二二年）
11 《火祆教人中国考》定稿（一九二二年四月廿一日）
12 《摩尼教入中国考》手稿（一九二二年六月、九月）
13 赵映乘试卷识语稿（一九二二年十月二日）
14 《元西域人华化考》手稿（一九二二年至一九二五年）
15 《中西回史日历》、《二十史朔闰表》稿（一九二二年至一九二五年）
16 《黄钧选先生暨罗夫人七十双寿序》稿（一九二三年九月）
17 在梁启超《中国历史研究法》上所作的批语（一九二三年至一九二四年）
18 《道家金石略》稿（一九二三年至一九二四年）
19 致廖世功函谈《四库全书》底本（一九二四年二月十五日）
20 《跋赡思书哈珊碑》稿（一九二四年五月）
21 《中国基督教史讲义目录》稿（一九二四年）
22 创办孤儿工读园和平民中学情况（一九二五年）
23 致王国维函稿谢提供李殉资料（一九二五年二月）
24 致叶恭绰函稿谈故宫展览书画事（一九二五年六月二十二日）
25 《关于谚语赵老送灯台》稿（一九二五年九月）
26 跋教王禁约及康熙谕西洋人（一九二五年十一月）
27 《元苌振兴温泉颂碑跋》稿（一九二六年一月）
28 《蹇斋剩墨跋》稿（一九二六年一月）
29 《回回教入中国史略》提纲（一九二七年初）
30 《史学名著评论》课教材（一九二八年至一九四六年）
31 《中国史料的整理》讲稿（一九二九年五月二十七日）
32 《大唐西域记撰人辩机》稿（一九三〇年二月）
33 二陈笔谈遗墨（约一九三○年底）
34 《校勘学释例》手稿散页（一九三一年七月）
35 《广书林扬觯》提纲（一九三一年至一九三二年）
36 陈恭尹赠王烘入蜀卷识语稿《一九三三年一月）
37 致胡适函稿谈《元秘史》译音用字（一九三三年三月七日）
38 致孙楷第、王重民函拟荐入辅仁大学任教（一九三三年六月二十六日）
39 《方孝标方苞轶事》、《彭家屏轶事》稿（一九三三年七月）
40 《景印四库全书未刊本草目签注》稿（一九三三年八月）
47 《题鲍润生司铎译楚辞》诗稿（约一九三四年）
42 《从教外典籍见明末清初之天主教》付印稿（一九三四年三四月）
43 《记吕晚村子孙》稿（一九三五年六月）
44 《墨井集·口铎》校记（一九三五年）
45 家书谈书法（一九三六年三月七日）
46 《四库提要中之周亮工》改定稿（一九三六年九月）
47 《吴渔山先生年谱》初稿（约一九三六年）
48 《墨井诗钞补》与《墨井画跋补》（一九三六年八月）
49 《廿二史刳记》批注及《廿二史刳记考正》稿（一九三六年至五十年代）
50 家书谈家世（一九三七年三月十四日）
51 致启功函谈吴渔山年谱资料（一九三七年四月二十七日）
52 《旧五代史辑本发覆》初稿（一九三七年八月）
53 致傅增湘函稿谈《旧唐书》补页（一九三七年十月）
54 《释氏疑年录》稿（一九三八年）
55 《汤若望与木陈志》资料（一九三八年）
56 履历表草稿（一九三九年十一月十六日）
57 《阅嘉兴藏记》（一九三九年九月至一九四〇年十一月）
58 《明季滇黔佛教考》稿（一九三九年十一月至一九四〇年五月）
59 《校雠略》课教材（一九四〇年三月）
60 《清初僧诤记》稿（一九四〇年十一月至一九四一年二月）
61 《南宋初河北新道教考》稿（一九四一年三月至八月）
62 《伟大之中华民族》一文提纲（一九四一年十二月八日）
63 《再跋于文襄论四库全书手札》稿（一九四二年二月）
64 《艺舟双楫与人海》讲稿（一九四二年六月十三日）
65 《陈香伯公教论书后》讲稿（一九四二年六月二十）
66 《中国佛教史籍概论》初稿（一九四二年八月）
67 《王西庄窥园图记跋》稿（一九四二年十二月）
……
99 《两封无名字无年月的信》稿（一九六五年十月）
说明
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