分子植物育种
作者：徐云碧著陈建国，等译
出版：科学出版社有限责任公司 2014.7
丛书：生命科学名著
页数：772
定价：240.00 元
ISBN-13：9787030410474
ISBN-10：7030410475 去豆瓣看看
出版：科学出版社有限责任公司 2014.7
丛书：生命科学名著
页数：772
定价：240.00 元
ISBN-13：9787030410474
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徐云碧[美]:国际玉米小麦改良中心（CIMMYT）科学家，中国农业科学院“玉米分子育种技术和应用”团队首席科学家，兼任中国农业科学院－国际玉米小麦改良中心玉米分子育种联合实验室主任。入选国家特聘专家。长期从事植物分子育种研究，致力于探索分子植物育种的理论及其在水稻和玉米中的应用。徐云碧博士在国内外杂志上发表论文 100余篇，累计引用5700余次。
分子植物育种是国际上首部有关植物分子育种的百科分子植物育种式综合参考书和教材，分子植物育种共15章，涵盖了植物分子育种的各个方面，包括：DNA标记技术, 遗传图谱的构建,高通量，组学，技术,植物遗传学和作物改良的常用群体,分子工具在植物遗传资源管理、评价和创新中的应用，复杂性状分子剖析的理论和实践，标记辅助育种的理论与应用，基因型*环境互作的分析，基因的分离与功能分析，基因转移和遗传修饰植物，知识产权和植物品种保护， 育种信息学，决策支持工具!每一章都经过同行评阅，包含了大量较新信息，并有表格、数据和参考文献的支持。
第1章导论1
1.1作物的驯化
1
1.2早期植物育种
3
1.3植物育种史上的主要发展
4
1.3.1育种和杂交
4
1.3.2孟德尔遗传学
5
1.3.3选择5
1.3.4育种类型和多倍性5
1.3.5遗传多样性和种质保护5
1.3.6数量遗传学和基因型^环境互作
5
1.3.7杂种优势和杂交种育种6
1.3.8群体改良
6
1.3.9细胞全能性、组织培养和体细胞无性系变异7
1.3.10遗传工程和基因转移
1.3.11DNA标记和基因组学
7
8
1.3.12公立部门和私营部门的育种工作
8
1.4遗传变异
8
1.4.1交换、遗传漂变和基因流动9
1.4.2突变9
1.5数量性状方差、遗传率和选择指数10
1.5.1质量性状和数量性状
10
1.5.2等位基因频率和基因型频率的概念
11
1.5.3哈迪温伯格平衡(HWE)11
1.5.4群体平均数和方差
12
1.5.5遗传率
12
1.5.6选择响应13
1.5.7选择指数和多性状选择
13
1.5.8配合力
15
1.5.9轮回选择15
1.6绿色革命和将来的挑战16
1.7植物育种的目标17
1.8分子育种19
第2章分子育种工具:标记和图谱22
2.1遗传标记22
2.1.1经典标记23
2.1.2DNA标记
25
2.2分子图谱44
2.2.1染色体理论和连锁
44
2.2.2遗传连锁图谱44
2.2.3遗传图谱的整合
55
第3章分子育种工具:组学与阵列58
3.1组学中的分子技术58
3.1.1双向凝胶电泳58
3.1.2质谱分析60
3.1.3酵母双杂交系统
61
3.1.4基因表达的系列分析
63
3.1.5实时定量PCR
3.1.6抑制性差减杂交
65
65
3.1.7原位杂交66
3.2结构基因组学67
3.2.1基因组结构67
3.2.2物理图谱68
3.2.3基因组测序72
3.2.4cDNA测序77
3.3功能基因组学79
3.3.1转录组学79
3.3.2蛋白质组学81
3.3.3代谢组学85
3.4表型组学88
3.4.1表型在基因组学中的重要性89
3.4.2植物表型组学89
3.5比较基因组学90
3.5.1比较图谱91
3.5.2共线性
92
3.6组学中的阵列技术96
3.6.1阵列的产生97
3.6.2试验设计
3.6.3样品制备
100
101
3.6.4标记101
3.6.5杂交和杂交后洗涤102
3.6.6数据采集和量化
102
3.6.7统计分析和数据挖掘103
3.6.8蛋白质微阵列及其他104
3.6.9通用芯片或微阵列105
3.6.10应用Tng微阵列进行全基因组分析
107
3.6.11以阵列为基础的基因型鉴定107
第4章遗传育种中的群体109
4.1群体的特点和分类
109
4.1.1基于遗传组成的分类109
4.1.2基于遗传维持的分类109
4.1.3基于遗传背景的分类110
4.1.4基于来源的分类
110
4.2双单倍体
112
4.2.1单倍体的产生
113
4.2.2单倍体植株的二倍体化120
4.2.3DH品系的评价120
4.2.4DH系的数量遗传学122
4.2.5DH群体在基因组学中的应用124
4.2.6DH在植物育种中的应用
125
4.2.7局限性和未来的前景127
4.3重组自交系(RIL)127
4.3.1近交及其遗传效应128
4.3.2RIL的培育
130
4.3.3RIL群体中的图距和重组率
131
4.3.4用RIL构建遗传图谱132
4.3.5互交的RIL和巢式RIL群体134
4.4近等基因系(NIL)135
4.4.1回交及其遗传效应135
4.4.2产生NIL的其他方法137
4.4.3渐渗系库
138
4.4.4用NIL进行基因定位的策略
139
4.4.5用NIL作图的理论考虑140
4.4.6NIL在基因定位中的应用
142
4.5不同群体的比较:重组率和选择142
4.5.1不同群体的重组率142
4.5.2群体构建过程中无意识的选择
143
第5章植物遗传资源:管理、评价与创新147
5.1遗传侵蚀和潜在的遗传脆弱性
148
5.1.1遗传侵蚀
148
5.1.2遗传脆弱性
150
5.2种质的概念
150
5.2.1广义的种质概念
150
5.2.2经典的种质
153
5.2.3人工或合成的种质153
5.2.4原位或异位保存
154
5.3收集/获取155
5.3.1种质收集的几个问题156
5.3.2核心种质
157
5.4保存、复壮和繁殖160
5.4.1离体保存技术
161
5.4.2超低温储藏
163
5.4.3合成种子和DNA的储存
163
5.4.4复壮和繁殖
164
5.5资源评价
164
5.5.1标记辅助种质评价165
5.5.2离体评价
167
5.5.3遗传多样性
167
5.5.4收集资源的冗余和缺失174
5.5.5遗传漂移和基因流175
5.5.6特异种质
177
5.5.7等位基因挖掘
178
5.6种质创新
179
5.6.1种质样本的纯化
180
5.6.2种质创新中的组织培养和转化
180
5.6.3种质改良中的基因渐渗181
5.7信息管理
181
5.7.1信息系统
181
5.7.2数据采集的标准化182
5.7.3信息整合与利用
183
5.8前景展望
184
第6章复杂性状的分子剖析:理论
188
6.1基于单标记的方法
190
6.1.1假设190
6.1.2标记平均数的比较192
6.1.3方差分析
6.1.4回归方法
194
195
6.1.5似然方法
195
6.2区间作图
196
6.2.1假设196
6.2.2似然方法
6.3复合区间作图
197
200
6.3.1基础200
6.3.2模型200
6.3.3似然分析
6.3.4假设检验
201
201
6.3.5选择标记作为辅助因子202
6.3.6完备区间作图
203
6.4多区间作图
203
6.4.1多区间作图模型和似然分析
204
6.4.2模型选择
205
6.4.3估计基因型值和QTL效应的方差分量
207
6.5多个群体或杂交组合
208
6.5.1试验设计
208
6.5.2多个杂交组合的QTL分析209
6.5.3合并分析
211
6.6多个QTL
211
6.6.1多个QTL的现实性
6.6.2选择一类QTL模型
211
212
6.6.3多个具有上位性的QTL
213
6.7贝叶斯作图
214
6.7.1贝叶斯作图的优点214
6.7.2贝叶斯作图统计学概述214
6.7.3贝叶斯作图方法
215
6.8连锁不平衡作图
218
6.8.1为什么要进行连锁不平衡作图γ
218
6.8.2连锁不平衡的度量219
6.8.3影响连锁不平衡的因素222
6.8.4连锁不平衡作图的方法224
6.8.5连锁不平衡作图的应用227
6.9元分析229
6.9.1QTL位置的元分析229
6.9.2QTL图谱的元分析
230
6.9.3QTL效应的元分析231
6.9.4元分析的例子231
6.10计算机作图233
6.10.1优点和缺点233
6.10.2混合模型方法233
6.10.3统计功效234
6.11样本容量、功效和阈值
235
6.11.1功效与样本容量
235
6.11.2交叉验证与样本容量
6.11.3QTL位置的置信区间
238
239
6.11.4QTL阈值
240
6.11.5错误发现率242
6.12总结和前景244
第7章复杂性状的分子剖析:实践
245
7.1QTL分离245
7.1.1作图方法
246
7.1.2对等位基因分散的筛选250
7.2复杂性状的QTL
253
7.2.1性状组分
7.2.2相关性状
253
254
7.2.3质量数量性状
255
7.2.4种子性状
256
7.3跨物种的QTL作图
7.4跨遗传背景的QTL
7.4.1同质的遗传背景
7.4.2异质的遗传背景
257
259
259
260
7.4.3上位性262
7.4.4一个基因座上的复等位基因
7.5不同生长和发育阶段的QTL
265
266
7.5.1动态性状
7.5.2动态作图
266
267
7.5.3动态作图的统计方法268
7.6多性状和基因表达
7.6.1基因表达的特点
269
269
7.6.2植物中eQTL的例子271
7.7选择性基因型鉴定和DNA混合分析
273
7.7.1主基因控制的性状273
7.7.2数量性状
274
7.7.3选择性基因型鉴定和DNA混合分析的功效
7.7.4选择性基因型鉴定和DNA混合分析的应用
275
278
第8章标记辅助选择:理论
281
8.1标记辅助选择的组分
8.1.1遗传标记和图谱
282
283
8.1.2标记的表征
284
8.1.3标记-性状关联的验证
285
8.1.4基因型鉴定和高通量基因型鉴定系统287
8.1.5数据管理和传送
8.2标记辅助的基因渐渗
287
288
8.2.1标记辅助的前景选择289
8.2.2标记辅助的背景选择292
8.2.3BC世代中的供体基因组含量296
8.2.4基因渐渗中的连锁累赘298
8.2.5基因组大小对基因渐渗的影响
299
8.2.6携带者染色体上的背景选择
300
8.2.7遗传背景的全基因组选择
301
8.2.8通过重复回交的多基因渐渗
302
8.3标记辅助的基因聚合
303
8.3.1基因聚合方案305
8.3.2杂交和选择策略
309
8.3.3不同性状的基因聚合311
8.3.4标记辅助的轮回选择与基因组选择的比较
312
8.4数量性状的选择
314
8.4.1根据表型值进行选择314
8.4.2根据标记得分进行选择315
8.4.3指数选择
316
8.4.4基因型选择
319
8.4.5综合的标记辅助选择319
8.4.6标记辅助选择的响应320
8.5长期选择
323
8.5.1玉米中的长期选择324
8.5.2水稻中的歧化选择330
第9章标记辅助选择:实践
332
9.1标记辅助选择的选择方案
333
9.1.1不用测交或后裔测定的选择
333
9.1.2独立于环境的选择333
9.1.3不需要繁重的田间工作或密集的实验室工作的选择334
9.1.4育种早期的选择
334
9.1.5对多个基因和多个性状的选择
334
9.1.6全基因组选择
334
9.2标记辅助选择应用中的瓶颈
335
9.2.1有效的标记性状关联
338
9.2.2有成本效益的高通量基因型鉴定系统338
9.2.3表型鉴定和样品追踪339
9.2.4上位性和基因×环境互作
339
9.3降低成本增加规模和效率
340
9.3.1成本效益分析
340
9.3.2基于种子DNA的基因型鉴定和MAS系统342
9.3.3整合多样性分析、遗传作图和MAS
344
9.3.4建立同时改良多个性状的育种策略345
9.4最适合MAS的性状
345
9.4.1需要测交或后裔测定的性状
345
9.4.2依赖于环境的性状348
9.4.3种子性状和品质性状350
9.5标记辅助的基因渐渗
352
9.5.1从野生近缘种的标记辅助基因渐渗353
9.5.2从优良种质的标记辅助基因渐渗
355
9.5.3耐旱性的标记辅助渐渗356
9.5.4品质性状的标记辅助基因渐渗
357
9.6标记辅助的基因聚合
358
9.6.1主基因的聚合
359
9.6.2通过标记辅助轮回选择的基因聚合362
9.7标记辅助的杂交种预测
362
9.7.1杂种优势的遗传基础363
9.7.2杂种优势群
366
9.7.3标记辅助的杂交种预测369
9.8机遇和挑战
373
9.8.1分子工具和育种系统373
9.8.2与特定作物相关的问题374
9.8.3数量性状374
9.8.4遗传网络
375
9.8.5发展中国家的标记辅助选择
375
第10章基因型×环境互作
377
10.1多环境试验378
10.1.1试验设计379
10.1.2基本的数据分析和解释
380
10.2环境的刻画382
10.2.1环境的分类383
10.2.2G1S和环境刻画
386
10.2.3选择试验地点389
10.3基因型表现的稳定性390
10.3.1研究GE1的线性一双线性模型
391
10.3.2GGE双标图分析393
10.3.3混合模型395
10.4GE1的分子剖析397
10.4.1环境因素的剖分
398
10.4.2跨环境的QTL作图399
10.4.3结合了GE1的QTL作图401
10.4.4MET和基因型数据的应用
405
10.5GE1的育种405
10.5.1资源有限环境的育种
406
10.5.2对适应性和稳定性的育种407
10.5.3育种计划中GE1的度量
408
10.5.4QE1的MAS
409
10.6展望410
第11章基因的分离和功能分析
412
11.1计算机预测414
11.1.1基于证据的基因预测
415
11.1.2基于同源性的基因预测
415
11.1.3从头开始的基因预测
418
11.1.4通过综合的方法预测基因419
11.1.5根据基因组序列检测蛋白质功能
420
11.2基因分离的比较法421
11.2.1比较法的基因组学基础
421
11.2.2比较分析中涉及的实验程序422
11.2.3主效基因辅助的QTL克隆
424
11.3基于cDNA测序的克隆
426
11.3.1EST的产生426
11.3.2全长cDNA的产生427
11.3.3全长cDNA的测序
428
11.3.4鉴定基因的定向EST筛选
428
11.3.5用于基因发现与注释的全长cDNA
429
11.4定位克隆429
11.4.1定位克隆的理论考虑
429
11.4.2定位克隆的例子
433
11.5通过诱变鉴定基因436
11.5.1突变体群体的产生
437
11.5.2插入诱变438
11.5.3非标签诱变443
11.5.4RNA干扰
446
11.5.5通过诱变分离基因
447
11.6基因分离的其他方法449
11.6.1基因表达分析450
11.6.2使用同源探针451
第12章转基因和遗传修饰植物
453
12.1植物组织培养和遗传转化453
12.1.1植物组织培养453
12.1.2遗传转化453
12.1.3重要植物遗传转化的发展456
12.2遗传转化方法456
12.2.1农杆菌介导的遗传转化方法456
12.2.2微粒轰击458
12.2.3电击法和其他直接转化法461
12.3表达载体462
12.3.1双元载体463
12.3.2基于GAtewAy的双元载体465
12.3.3转化载体的选择
466
12.4基因选择标记466
12.4.1选择标记的功能467
12.4.2植物的标记基因
467
12.4.3正向选择470
12.4.4转基因植物中选择标记基因的去除
471
12.5基因整合、表达和定位
473
12.5.1外源基因的整合473
12.5.2外源基因的表达
474
12.5.3转基因植株的鉴定和功能分析474
12.5.4报告基因476
12.5.5启动子478
12.5.6基因失活479
12.6转基因叠加480
12.6.1有性杂交480
12.6.2质粒辅助共转化
482
12.6.3微粒轰击下的共转化
482
12.7转基因作物商业化483
12.7.1商业目的484
12.7.2转基因作物商业化现状
485
12.7.3转基因作物的监管
488
12.7.4产品释放和市场营销策略489
12.7.5转基因监测490
12.8展望491
第13章知识产权和植物品种保护
492
13.1知识产权和植物育种家的权利492
13.1.1知识产权的基本方面
492
13.1.2植物育种中的知识产权493
13.2植物品种保护:需求和影响
494
13.2.1作物品种保护的需求494
13.2.2植物品种保护的影响
497
13.3涉及植物育种的国际协定500
13.3.1UPQV公约和国际植物新品种保护联盟
500
13.3.2 1983年《国际植物遗传资源约定》504
13.3.3 1992年《生物多样性公约》
505
13.3.4 1994年TRIPS协定506
13.3.5 2001年粮食和农业植物遗传资源国际条约
507
13.4植物品种保护策略508
13.4.1植物品种保护或植物育种者权利
508
13.4.2专利
509
13.4.3生物学的保护510
13.4.4种子法511
13.4.5合同法512
13.4.6品牌和商标512
13.4.7商业秘密513
13.5影响分子育种的知识产权513
13.5.1基因转化技术513
13.5.2标记辅助植物育种522
13.5.3产品开发和商业化
524
13.6分子技术在植物品种保护中的应用525
13.6.1DUS测试
525
13.6.2实质性派生品种
526
13.6.3品种鉴定528
13.6.4种子认证529
13.6.5种子提纯529
13.7植物品种保护的实践530
13.7.1欧盟的植物品种保护530
13.7.2美国的植物品种保护
530
13.7.3加拿大的植物品种保护
531
13.7.4发展中国家的植物品种保护531
13.7.5参与式植物育种和植物品种保护
532
13.8展望532
13.8.1扩展和执法532
13.8.2实施PVP的管理挑战533
13.8.3国际植物新品种保护联盟的更新需要
534
13.8.4遗传资源使用中的协作
535
13.8.5技术和知识产权的相互作用535
13.8.6种子保存和植物品种保护536
13.8.7其他植物产品537
第14章育种信息学
539
14.1信息驱动的植物育种539
14.1.1信息学基础540
14.1.2生物信息学和植物育种之间的空白
541
14.1.3信息管理和数据分析的通用系统
542
14.1.4将信息转化成新品种
542
14.2信息收集543
14.2.1数据收集方法543
14.2.2种质信息544
14.2.3基因型信息546
14.2.4表型信息549
14.2.5环境信息550
14.3信息整合551
14.3.1数据标准化552
14.3.2通用数据库的开发
552
14.3.3规范化词表和语义学的使用553
14.3.4可互操作的查询系统
555
14.3.5冗余数据浓缩556
14.3.6数据库整合556
14.3.7以工具为基础的信息整合557
14.4信息检索和挖掘557
14.4.1信息检索557
14.4.2信息挖掘560
14.5信息管理系统562
14.5.1实验室信息管理系统562
14.5.2育种信息管理系统
563
14.5.3国际作物信息系统
564
14.5.4其他的信息学工具566
14.5.5信息学工具的未来需要
567
14.6植物数据库568
14.6.1序列数据库570
14.6.2通用的基因组学和蛋白质组学数据库
572
14.6.3通用的植物数据库574
14.6.4单个植物的数据库
579
14.7育种信息学的前景585
第15章决策支持工具
586
15.1种质和育种群体的管理与评价587
15.1.1种质管理和评价
587
15.1.2育种群体管理590
15.2遗传作图和标记性状关联分析
592
15.2.1构建遗传图谱592
15.2.2以连锁为基础的QTL作图
592
15.2.3eQTL作图
595
15.2.4基于连锁不平衡的QTL作图
595
15.2.5基因型×环境互作分析
598
15.2.6比较作图和一致图谱
599
15.3标记辅助选择600
15.3.1MAS方法和实施601
15.3.2标记辅助的自交系和综合品种培育
602
15.4模拟和建模602
15.4.1模拟和建模的重要性
602
15.4.2模拟中使用的遗传模型
603
15.4.3一个用于遗传学和育种的模拟模块:QULINE
606
15.4.4模拟和建模的将来
607
15.5设计育种608
15.5.1亲本的选择609
15.5.2育种产品预测609
15.5.3选择方法评价610
15.6展望611
分子植物育种:进展与展望中文版跋
613
原书参考文献643译后记733彩图
^ 收 起
1.1作物的驯化
1
1.2早期植物育种
3
1.3植物育种史上的主要发展
4
1.3.1育种和杂交
4
1.3.2孟德尔遗传学
5
1.3.3选择5
1.3.4育种类型和多倍性5
1.3.5遗传多样性和种质保护5
1.3.6数量遗传学和基因型^环境互作
5
1.3.7杂种优势和杂交种育种6
1.3.8群体改良
6
1.3.9细胞全能性、组织培养和体细胞无性系变异7
1.3.10遗传工程和基因转移
1.3.11DNA标记和基因组学
7
8
1.3.12公立部门和私营部门的育种工作
8
1.4遗传变异
8
1.4.1交换、遗传漂变和基因流动9
1.4.2突变9
1.5数量性状方差、遗传率和选择指数10
1.5.1质量性状和数量性状
10
1.5.2等位基因频率和基因型频率的概念
11
1.5.3哈迪温伯格平衡(HWE)11
1.5.4群体平均数和方差
12
1.5.5遗传率
12
1.5.6选择响应13
1.5.7选择指数和多性状选择
13
1.5.8配合力
15
1.5.9轮回选择15
1.6绿色革命和将来的挑战16
1.7植物育种的目标17
1.8分子育种19
第2章分子育种工具:标记和图谱22
2.1遗传标记22
2.1.1经典标记23
2.1.2DNA标记
25
2.2分子图谱44
2.2.1染色体理论和连锁
44
2.2.2遗传连锁图谱44
2.2.3遗传图谱的整合
55
第3章分子育种工具:组学与阵列58
3.1组学中的分子技术58
3.1.1双向凝胶电泳58
3.1.2质谱分析60
3.1.3酵母双杂交系统
61
3.1.4基因表达的系列分析
63
3.1.5实时定量PCR
3.1.6抑制性差减杂交
65
65
3.1.7原位杂交66
3.2结构基因组学67
3.2.1基因组结构67
3.2.2物理图谱68
3.2.3基因组测序72
3.2.4cDNA测序77
3.3功能基因组学79
3.3.1转录组学79
3.3.2蛋白质组学81
3.3.3代谢组学85
3.4表型组学88
3.4.1表型在基因组学中的重要性89
3.4.2植物表型组学89
3.5比较基因组学90
3.5.1比较图谱91
3.5.2共线性
92
3.6组学中的阵列技术96
3.6.1阵列的产生97
3.6.2试验设计
3.6.3样品制备
100
101
3.6.4标记101
3.6.5杂交和杂交后洗涤102
3.6.6数据采集和量化
102
3.6.7统计分析和数据挖掘103
3.6.8蛋白质微阵列及其他104
3.6.9通用芯片或微阵列105
3.6.10应用Tng微阵列进行全基因组分析
107
3.6.11以阵列为基础的基因型鉴定107
第4章遗传育种中的群体109
4.1群体的特点和分类
109
4.1.1基于遗传组成的分类109
4.1.2基于遗传维持的分类109
4.1.3基于遗传背景的分类110
4.1.4基于来源的分类
110
4.2双单倍体
112
4.2.1单倍体的产生
113
4.2.2单倍体植株的二倍体化120
4.2.3DH品系的评价120
4.2.4DH系的数量遗传学122
4.2.5DH群体在基因组学中的应用124
4.2.6DH在植物育种中的应用
125
4.2.7局限性和未来的前景127
4.3重组自交系(RIL)127
4.3.1近交及其遗传效应128
4.3.2RIL的培育
130
4.3.3RIL群体中的图距和重组率
131
4.3.4用RIL构建遗传图谱132
4.3.5互交的RIL和巢式RIL群体134
4.4近等基因系(NIL)135
4.4.1回交及其遗传效应135
4.4.2产生NIL的其他方法137
4.4.3渐渗系库
138
4.4.4用NIL进行基因定位的策略
139
4.4.5用NIL作图的理论考虑140
4.4.6NIL在基因定位中的应用
142
4.5不同群体的比较:重组率和选择142
4.5.1不同群体的重组率142
4.5.2群体构建过程中无意识的选择
143
第5章植物遗传资源:管理、评价与创新147
5.1遗传侵蚀和潜在的遗传脆弱性
148
5.1.1遗传侵蚀
148
5.1.2遗传脆弱性
150
5.2种质的概念
150
5.2.1广义的种质概念
150
5.2.2经典的种质
153
5.2.3人工或合成的种质153
5.2.4原位或异位保存
154
5.3收集/获取155
5.3.1种质收集的几个问题156
5.3.2核心种质
157
5.4保存、复壮和繁殖160
5.4.1离体保存技术
161
5.4.2超低温储藏
163
5.4.3合成种子和DNA的储存
163
5.4.4复壮和繁殖
164
5.5资源评价
164
5.5.1标记辅助种质评价165
5.5.2离体评价
167
5.5.3遗传多样性
167
5.5.4收集资源的冗余和缺失174
5.5.5遗传漂移和基因流175
5.5.6特异种质
177
5.5.7等位基因挖掘
178
5.6种质创新
179
5.6.1种质样本的纯化
180
5.6.2种质创新中的组织培养和转化
180
5.6.3种质改良中的基因渐渗181
5.7信息管理
181
5.7.1信息系统
181
5.7.2数据采集的标准化182
5.7.3信息整合与利用
183
5.8前景展望
184
第6章复杂性状的分子剖析:理论
188
6.1基于单标记的方法
190
6.1.1假设190
6.1.2标记平均数的比较192
6.1.3方差分析
6.1.4回归方法
194
195
6.1.5似然方法
195
6.2区间作图
196
6.2.1假设196
6.2.2似然方法
6.3复合区间作图
197
200
6.3.1基础200
6.3.2模型200
6.3.3似然分析
6.3.4假设检验
201
201
6.3.5选择标记作为辅助因子202
6.3.6完备区间作图
203
6.4多区间作图
203
6.4.1多区间作图模型和似然分析
204
6.4.2模型选择
205
6.4.3估计基因型值和QTL效应的方差分量
207
6.5多个群体或杂交组合
208
6.5.1试验设计
208
6.5.2多个杂交组合的QTL分析209
6.5.3合并分析
211
6.6多个QTL
211
6.6.1多个QTL的现实性
6.6.2选择一类QTL模型
211
212
6.6.3多个具有上位性的QTL
213
6.7贝叶斯作图
214
6.7.1贝叶斯作图的优点214
6.7.2贝叶斯作图统计学概述214
6.7.3贝叶斯作图方法
215
6.8连锁不平衡作图
218
6.8.1为什么要进行连锁不平衡作图γ
218
6.8.2连锁不平衡的度量219
6.8.3影响连锁不平衡的因素222
6.8.4连锁不平衡作图的方法224
6.8.5连锁不平衡作图的应用227
6.9元分析229
6.9.1QTL位置的元分析229
6.9.2QTL图谱的元分析
230
6.9.3QTL效应的元分析231
6.9.4元分析的例子231
6.10计算机作图233
6.10.1优点和缺点233
6.10.2混合模型方法233
6.10.3统计功效234
6.11样本容量、功效和阈值
235
6.11.1功效与样本容量
235
6.11.2交叉验证与样本容量
6.11.3QTL位置的置信区间
238
239
6.11.4QTL阈值
240
6.11.5错误发现率242
6.12总结和前景244
第7章复杂性状的分子剖析:实践
245
7.1QTL分离245
7.1.1作图方法
246
7.1.2对等位基因分散的筛选250
7.2复杂性状的QTL
253
7.2.1性状组分
7.2.2相关性状
253
254
7.2.3质量数量性状
255
7.2.4种子性状
256
7.3跨物种的QTL作图
7.4跨遗传背景的QTL
7.4.1同质的遗传背景
7.4.2异质的遗传背景
257
259
259
260
7.4.3上位性262
7.4.4一个基因座上的复等位基因
7.5不同生长和发育阶段的QTL
265
266
7.5.1动态性状
7.5.2动态作图
266
267
7.5.3动态作图的统计方法268
7.6多性状和基因表达
7.6.1基因表达的特点
269
269
7.6.2植物中eQTL的例子271
7.7选择性基因型鉴定和DNA混合分析
273
7.7.1主基因控制的性状273
7.7.2数量性状
274
7.7.3选择性基因型鉴定和DNA混合分析的功效
7.7.4选择性基因型鉴定和DNA混合分析的应用
275
278
第8章标记辅助选择:理论
281
8.1标记辅助选择的组分
8.1.1遗传标记和图谱
282
283
8.1.2标记的表征
284
8.1.3标记-性状关联的验证
285
8.1.4基因型鉴定和高通量基因型鉴定系统287
8.1.5数据管理和传送
8.2标记辅助的基因渐渗
287
288
8.2.1标记辅助的前景选择289
8.2.2标记辅助的背景选择292
8.2.3BC世代中的供体基因组含量296
8.2.4基因渐渗中的连锁累赘298
8.2.5基因组大小对基因渐渗的影响
299
8.2.6携带者染色体上的背景选择
300
8.2.7遗传背景的全基因组选择
301
8.2.8通过重复回交的多基因渐渗
302
8.3标记辅助的基因聚合
303
8.3.1基因聚合方案305
8.3.2杂交和选择策略
309
8.3.3不同性状的基因聚合311
8.3.4标记辅助的轮回选择与基因组选择的比较
312
8.4数量性状的选择
314
8.4.1根据表型值进行选择314
8.4.2根据标记得分进行选择315
8.4.3指数选择
316
8.4.4基因型选择
319
8.4.5综合的标记辅助选择319
8.4.6标记辅助选择的响应320
8.5长期选择
323
8.5.1玉米中的长期选择324
8.5.2水稻中的歧化选择330
第9章标记辅助选择:实践
332
9.1标记辅助选择的选择方案
333
9.1.1不用测交或后裔测定的选择
333
9.1.2独立于环境的选择333
9.1.3不需要繁重的田间工作或密集的实验室工作的选择334
9.1.4育种早期的选择
334
9.1.5对多个基因和多个性状的选择
334
9.1.6全基因组选择
334
9.2标记辅助选择应用中的瓶颈
335
9.2.1有效的标记性状关联
338
9.2.2有成本效益的高通量基因型鉴定系统338
9.2.3表型鉴定和样品追踪339
9.2.4上位性和基因×环境互作
339
9.3降低成本增加规模和效率
340
9.3.1成本效益分析
340
9.3.2基于种子DNA的基因型鉴定和MAS系统342
9.3.3整合多样性分析、遗传作图和MAS
344
9.3.4建立同时改良多个性状的育种策略345
9.4最适合MAS的性状
345
9.4.1需要测交或后裔测定的性状
345
9.4.2依赖于环境的性状348
9.4.3种子性状和品质性状350
9.5标记辅助的基因渐渗
352
9.5.1从野生近缘种的标记辅助基因渐渗353
9.5.2从优良种质的标记辅助基因渐渗
355
9.5.3耐旱性的标记辅助渐渗356
9.5.4品质性状的标记辅助基因渐渗
357
9.6标记辅助的基因聚合
358
9.6.1主基因的聚合
359
9.6.2通过标记辅助轮回选择的基因聚合362
9.7标记辅助的杂交种预测
362
9.7.1杂种优势的遗传基础363
9.7.2杂种优势群
366
9.7.3标记辅助的杂交种预测369
9.8机遇和挑战
373
9.8.1分子工具和育种系统373
9.8.2与特定作物相关的问题374
9.8.3数量性状374
9.8.4遗传网络
375
9.8.5发展中国家的标记辅助选择
375
第10章基因型×环境互作
377
10.1多环境试验378
10.1.1试验设计379
10.1.2基本的数据分析和解释
380
10.2环境的刻画382
10.2.1环境的分类383
10.2.2G1S和环境刻画
386
10.2.3选择试验地点389
10.3基因型表现的稳定性390
10.3.1研究GE1的线性一双线性模型
391
10.3.2GGE双标图分析393
10.3.3混合模型395
10.4GE1的分子剖析397
10.4.1环境因素的剖分
398
10.4.2跨环境的QTL作图399
10.4.3结合了GE1的QTL作图401
10.4.4MET和基因型数据的应用
405
10.5GE1的育种405
10.5.1资源有限环境的育种
406
10.5.2对适应性和稳定性的育种407
10.5.3育种计划中GE1的度量
408
10.5.4QE1的MAS
409
10.6展望410
第11章基因的分离和功能分析
412
11.1计算机预测414
11.1.1基于证据的基因预测
415
11.1.2基于同源性的基因预测
415
11.1.3从头开始的基因预测
418
11.1.4通过综合的方法预测基因419
11.1.5根据基因组序列检测蛋白质功能
420
11.2基因分离的比较法421
11.2.1比较法的基因组学基础
421
11.2.2比较分析中涉及的实验程序422
11.2.3主效基因辅助的QTL克隆
424
11.3基于cDNA测序的克隆
426
11.3.1EST的产生426
11.3.2全长cDNA的产生427
11.3.3全长cDNA的测序
428
11.3.4鉴定基因的定向EST筛选
428
11.3.5用于基因发现与注释的全长cDNA
429
11.4定位克隆429
11.4.1定位克隆的理论考虑
429
11.4.2定位克隆的例子
433
11.5通过诱变鉴定基因436
11.5.1突变体群体的产生
437
11.5.2插入诱变438
11.5.3非标签诱变443
11.5.4RNA干扰
446
11.5.5通过诱变分离基因
447
11.6基因分离的其他方法449
11.6.1基因表达分析450
11.6.2使用同源探针451
第12章转基因和遗传修饰植物
453
12.1植物组织培养和遗传转化453
12.1.1植物组织培养453
12.1.2遗传转化453
12.1.3重要植物遗传转化的发展456
12.2遗传转化方法456
12.2.1农杆菌介导的遗传转化方法456
12.2.2微粒轰击458
12.2.3电击法和其他直接转化法461
12.3表达载体462
12.3.1双元载体463
12.3.2基于GAtewAy的双元载体465
12.3.3转化载体的选择
466
12.4基因选择标记466
12.4.1选择标记的功能467
12.4.2植物的标记基因
467
12.4.3正向选择470
12.4.4转基因植物中选择标记基因的去除
471
12.5基因整合、表达和定位
473
12.5.1外源基因的整合473
12.5.2外源基因的表达
474
12.5.3转基因植株的鉴定和功能分析474
12.5.4报告基因476
12.5.5启动子478
12.5.6基因失活479
12.6转基因叠加480
12.6.1有性杂交480
12.6.2质粒辅助共转化
482
12.6.3微粒轰击下的共转化
482
12.7转基因作物商业化483
12.7.1商业目的484
12.7.2转基因作物商业化现状
485
12.7.3转基因作物的监管
488
12.7.4产品释放和市场营销策略489
12.7.5转基因监测490
12.8展望491
第13章知识产权和植物品种保护
492
13.1知识产权和植物育种家的权利492
13.1.1知识产权的基本方面
492
13.1.2植物育种中的知识产权493
13.2植物品种保护:需求和影响
494
13.2.1作物品种保护的需求494
13.2.2植物品种保护的影响
497
13.3涉及植物育种的国际协定500
13.3.1UPQV公约和国际植物新品种保护联盟
500
13.3.2 1983年《国际植物遗传资源约定》504
13.3.3 1992年《生物多样性公约》
505
13.3.4 1994年TRIPS协定506
13.3.5 2001年粮食和农业植物遗传资源国际条约
507
13.4植物品种保护策略508
13.4.1植物品种保护或植物育种者权利
508
13.4.2专利
509
13.4.3生物学的保护510
13.4.4种子法511
13.4.5合同法512
13.4.6品牌和商标512
13.4.7商业秘密513
13.5影响分子育种的知识产权513
13.5.1基因转化技术513
13.5.2标记辅助植物育种522
13.5.3产品开发和商业化
524
13.6分子技术在植物品种保护中的应用525
13.6.1DUS测试
525
13.6.2实质性派生品种
526
13.6.3品种鉴定528
13.6.4种子认证529
13.6.5种子提纯529
13.7植物品种保护的实践530
13.7.1欧盟的植物品种保护530
13.7.2美国的植物品种保护
530
13.7.3加拿大的植物品种保护
531
13.7.4发展中国家的植物品种保护531
13.7.5参与式植物育种和植物品种保护
532
13.8展望532
13.8.1扩展和执法532
13.8.2实施PVP的管理挑战533
13.8.3国际植物新品种保护联盟的更新需要
534
13.8.4遗传资源使用中的协作
535
13.8.5技术和知识产权的相互作用535
13.8.6种子保存和植物品种保护536
13.8.7其他植物产品537
第14章育种信息学
539
14.1信息驱动的植物育种539
14.1.1信息学基础540
14.1.2生物信息学和植物育种之间的空白
541
14.1.3信息管理和数据分析的通用系统
542
14.1.4将信息转化成新品种
542
14.2信息收集543
14.2.1数据收集方法543
14.2.2种质信息544
14.2.3基因型信息546
14.2.4表型信息549
14.2.5环境信息550
14.3信息整合551
14.3.1数据标准化552
14.3.2通用数据库的开发
552
14.3.3规范化词表和语义学的使用553
14.3.4可互操作的查询系统
555
14.3.5冗余数据浓缩556
14.3.6数据库整合556
14.3.7以工具为基础的信息整合557
14.4信息检索和挖掘557
14.4.1信息检索557
14.4.2信息挖掘560
14.5信息管理系统562
14.5.1实验室信息管理系统562
14.5.2育种信息管理系统
563
14.5.3国际作物信息系统
564
14.5.4其他的信息学工具566
14.5.5信息学工具的未来需要
567
14.6植物数据库568
14.6.1序列数据库570
14.6.2通用的基因组学和蛋白质组学数据库
572
14.6.3通用的植物数据库574
14.6.4单个植物的数据库
579
14.7育种信息学的前景585
第15章决策支持工具
586
15.1种质和育种群体的管理与评价587
15.1.1种质管理和评价
587
15.1.2育种群体管理590
15.2遗传作图和标记性状关联分析
592
15.2.1构建遗传图谱592
15.2.2以连锁为基础的QTL作图
592
15.2.3eQTL作图
595
15.2.4基于连锁不平衡的QTL作图
595
15.2.5基因型×环境互作分析
598
15.2.6比较作图和一致图谱
599
15.3标记辅助选择600
15.3.1MAS方法和实施601
15.3.2标记辅助的自交系和综合品种培育
602
15.4模拟和建模602
15.4.1模拟和建模的重要性
602
15.4.2模拟中使用的遗传模型
603
15.4.3一个用于遗传学和育种的模拟模块:QULINE
606
15.4.4模拟和建模的将来
607
15.5设计育种608
15.5.1亲本的选择609
15.5.2育种产品预测609
15.5.3选择方法评价610
15.6展望611
分子植物育种:进展与展望中文版跋
613
原书参考文献643译后记733彩图
^ 收 起
徐云碧[美]:国际玉米小麦改良中心（CIMMYT）科学家，中国农业科学院“玉米分子育种技术和应用”团队首席科学家，兼任中国农业科学院－国际玉米小麦改良中心玉米分子育种联合实验室主任。入选国家特聘专家。长期从事植物分子育种研究，致力于探索分子植物育种的理论及其在水稻和玉米中的应用。徐云碧博士在国内外杂志上发表论文 100余篇，累计引用5700余次。
分子植物育种是国际上首部有关植物分子育种的百科分子植物育种式综合参考书和教材，分子植物育种共15章，涵盖了植物分子育种的各个方面，包括：DNA标记技术, 遗传图谱的构建,高通量，组学，技术,植物遗传学和作物改良的常用群体,分子工具在植物遗传资源管理、评价和创新中的应用，复杂性状分子剖析的理论和实践，标记辅助育种的理论与应用，基因型*环境互作的分析，基因的分离与功能分析，基因转移和遗传修饰植物，知识产权和植物品种保护， 育种信息学，决策支持工具!每一章都经过同行评阅，包含了大量较新信息，并有表格、数据和参考文献的支持。
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